Теодора Петкова започва кариерата си в УниКредит Булбанк през 2002 г. като кредитен анализатор. От 2009 до 2015 г. Теодора е директор на управление „Кредитен риск“, а от септември 2015 г. е директор на Международния център в „Корпоративно, инвестиционно и частно банкиране“. В периода 2016-2019 г. е Главен риск директор на УниКредит Булбанк и член на Управителния съвет на банката. През 2019 година поема ролята на Главен изпълнителен директор и Председател на УС на УниКредит Булбанк до май 2021 година, когато кариерният ѝ път продължава в групата. От 2021 г. Теодора Петкова е директор на УниКредит за Източна Европа и отговаря за бизнеса на групата в страните от региона. 

Теодора Петкова е била член на Надзорния съвет на УниКредит Кънсюмър Файненсинг и Уникредит Лизинг и има многогодишен опит като член на Съвета на директорите на УниКредит Факторинг.